Le décret du 23 Avril 2009 donne la possibilité de recruter les doctorants par contrat doctoral. Il s’agit d’un CDD de droit public de 3 ans délivré par les établissements publics d’enseignement supérieur ou de recherche. Dès septembre 2009, l’UPMC a décidé d’appliquer le contrat doctoral à tous les doctorants dont l’UPMC est employeur, quelle que soit la source de financement. Il concerne en particulier les doctorants financés sur budget ministériel ou par la région Ile-de-France. Les EPST établissent également des contrats doctoraux. Le décret du 25 Septembre 2021 permet à des organismes tels que l'institut Curie ou l'institut Pasteur d'établir des contrats doctoraux de droit privé.

Le service du doctorant contractuel peut être exclusivement consacré à ses activités de recherche mais peut aussi inclure, par avenant, une mission doctorale. Quatre types de mission sont proposées par SU ou PSL: mission d’enseignement, mission de diffusion et de médiation scientifique, mission de valorisation et de coopération européenne et mission d’expertise et de conseil en entreprise ou en collectivité. Les missions doctorales sont coordonnées par le collège doctoral de Sorbonne Université ou le collège doctoral de PSL.

L'arrêté du 26 Décembre 2022, modifiant celui d'Août 2016, fixe la rémunération minimale du contrat doctoral. Au 1er Janvier 2023, la rémunération brute mensuelle minimum pour un contrat doctoral 100% recherche est de 2044 €. Elle sera revalorisée chaque année pour atteindre 2300 € brut à compter du 1er Janvier 2026.